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生物堿類化合物主要是以鹽類的形式存在于植物中，只有少數生物堿不能與酸形成穩定的鹽而呈游離態。生物堿及其鹽類的溶解度與其分子中氮原子的存在形式和極性基團的數目有關，一般游離態的生物堿不溶或難溶于水，易溶于氯仿、乙醚、丙酮等有機溶劑，而生物堿的鹽類極性較大，易溶于水和醇，不溶或難溶于氯仿、乙醚、丙酮等有機溶劑。
一、 生物堿提取分離的傳統方法
1 煎煮法（Boiling Method）煎煮法是最普通、最常用的提取方法，適用于水溶性較好的生物堿。
.2 浸漬法（Immersion Method）
由于生物堿呈堿性，因此常用酸性溶液浸泡，使其從植物中溶出到溶液中來。一般植物都需要進行前處理，如干燥和粉碎，以增大與溶劑的接觸面積。
3 有機溶劑法（Organic Solvent Method）
生物堿及其鹽類一般都溶于甲醇、乙醇等低碳醇類有機溶劑，使用有機溶劑提取生物堿的方法同樣應用很廣。有機溶劑與酸水相比成本較高，但后續的干燥濃縮較為容易，產品中雜質較少。
4 樹脂吸附法（Resin Adsorption Method）
樹脂是一種高分子聚合物，分為天然樹脂和合成樹脂兩大類，用于實驗和生產的多為合成樹脂。樹脂外觀為魚籽樣的小圓球，顆粒內部具有多孔立體結構，容易再生，可反復使用。目前用于生物堿分離純化的主要是大孔吸附樹脂和陽離子交換樹脂，二者吸附機理略有不同。大孔吸附樹脂主要是依靠它與被吸附物質間的范德華力，通過它巨大的比表面積進行物理吸附，同時由于它的多孔結構使其對分子大小不同的物質具有篩選作用。離子交換樹脂法是根據固相（樹脂）中的離子與液相（上柱液）發生一種可逆性化學反應，當液相中的某些離子（生物堿）較為離子交換固體（陽離子樹脂）所喜好時，便會被離子交換固體吸附，為維持水溶液的電中性，所以離子交換固體必須釋出等價離子回溶液中。
二、 生物堿提取分離的新方法
1 超聲波提取法（Ultrasonication Extraction）
超聲波是頻率在 20 千赫~50 兆赫的聲波，它是一種機械波。它能夠在液體這樣的連續介質中傳播產生“空化效應”，“空化效應”所產生的大量超過上千大氣壓的微氣穴爆炸后能在微觀上產生強大的沖擊波作用在植物細胞上，能破壞細胞壁等結構，使有效成分加速逸出。超聲波提取具有很多優點，如無需高溫、適用性廣、提取時間短、原料處理量大等特點。
2 微波協助提取法（Microwave-assisted Extraction）
微波萃取是利用微波能進行萃取的一項新技術，它通過微波輻射產生的高頻電磁波作用在細胞上，產生的振動、撕裂和摩擦使細胞溫度迅速升高，產生的壓力導致細胞壁破裂從而使有效成分流出。微波萃取一般有四個步驟：（1）把原料進行預處理，如清洗、切片、干燥、粉碎等；（2）把原料和萃取劑放入設備中，接受輻射；（3）把液相分離出來，棄去殘渣；（4）得到產物。微波萃取具有試劑用量小、加熱均勻、處理批量大、不受原料含水量影響等優點，但它的局限性在于僅適用于熱穩定性物質的提取，對于熱敏性物質會導致其失活和變性。
3 膜分離法（Separation Membrane）
膜分離根據生物膜對物質選擇性通透的原理所設計的一種對包含不同組分的混合樣品進行分離的方法。分離中使用的膜是一種高分子聚合物，即有選擇性分離功能，按照其孔徑不同可分為反滲透膜、微濾膜、超濾膜和納濾膜。其原理是通過施加一定的壓力，使小分子溶質和溶劑能穿過膜的孔徑，而大分子溶質不能通過而得到分離。膜分離法具有無相態變化、無化學變化、選擇性好、能耗低等優點，已初步應用于生物堿類物質的提取分離中。
4 超臨界萃取法（Supercritical Fluid Extraction，SFE）
超臨界流體萃取以超臨界流體作為萃取溶劑，是一門發展很快、適用性很廣的分離提取新技術。我國對于超臨界流體萃取技術方面的研究起步于 20 世紀 80年代，經過 30 多年的努力，已取得了令人矚目的成績，成為多門學科的研究熱點，尤其是在化學方面的精細化工、材料科學、食品工業、天然產物、藥物化學等領域進步明顯，取得了一批具有專利權的研究成果，很多產品已經由實驗室研究轉化為工業化生產。超臨界流體（Supercritical Fluid，簡稱 SF）是超過臨界溫度和臨界壓力的非凝縮性的高密度流體，它既有氣體易于擴散又有液體溶解力大的特點，傳質效率要大大高于液相過程。超臨界萃取的原理是利用超臨界流體的溶解能力與其密度的關系，即利用壓力和溫度對超臨界流體溶解能力的影響而進行的。
5 高效逆流色譜法（high-speed countercurrent chromatography，HSCCC）
高效逆流色譜法是上世紀 80 年代以來發展起來的連續高效的液-液分配色譜分離技術。它的固定相和流動相都是液體，因此不用固態的支撐物和載體。它利用兩相溶劑體系在高速旋轉的螺旋管內建立起一種特殊的單向性流體動力學平衡，此時螺旋管柱中的任一部分都高速反復進行著混合和分配的過程，這一過程的頻率大于每秒 10 次。根據兩相中各組分分配系數的不同，導致其在螺旋柱中移動速度也不相同，從而使各組分按分配系數的順序依次分離。
6 分子印跡技術（Molecular Imprinting Technique，MIT）
分子印跡技術是近年來發展迅速的一門分離新技術，它在固相萃取、手性分離、天然抗體模擬、緩控釋藥物等方面取得了廣泛應用。它的基本原理是當模板分子（印跡分子）與聚合物單體接觸時會形成多重作用點，通過聚合過程使這種作用被記憶下來，當除去模板分子后，聚合物中就形成了與模板分子空間構型相匹配的具有多重作用點的空穴，這種空穴將會對模板分子及其類似物具有選擇識別的特性。根據聚合物單體與模板分子之間的多重作用點方式不同，分子印跡技術可分為共價鍵法（預組裝方式）和非共價鍵法（自組裝方式）兩種。
7 其它分離方法
隨著科學技術的飛速發展，越來越多的新技術應用到了植物中的生物堿提取分離上，除以上幾種外，還有常溫超高壓提取技術（ultra high isostatic hydrostaticpressure at room temperature extraction)，加速溶劑提取技術( accelerated solventextraction，ASE)，半仿生提取技術( semi-bionic extraction method，SBE)，酶提取技術（enzyme leach）。這些方法都起步較晚，大多還停留在實驗室階段，對于實際生產中的精確度和自動化還有待進一步的研究。
